11月9日晚,我校白衣产学研名师工作室于综合楼会议室开展了本学期第七次文献阅读分享会。指导老师张高博、白衣工作室分子生物学实验小组与生物信息学小组全体成员参与本次分享会,潘金泼、高邦婷和王嘉甬三位同学进行文献分享。
首先,潘金泼同学分享的是发表在《JOURNAL OF APPLIED GENETICS》杂志上的文献《A simple modification of PCR thermal profile applied to evade persisting contamination》,潘同学首先介绍了聚合酶链式反应 (PCR)的定义,然后从DNA模板与扩增子和qPCR试剂和条件两个方面讲解这篇文献。聚合酶链式反应(PCR)是诊断学和分子生物学中最常用的方法之一,它有一个令人沮丧的缺点,即假阳性信号或污染。迄今为止,已经制定了几种避免和消除PCR污染的解决方案。该解决方案的原理是修改PCR热循环,以削弱检测的灵敏度,导致阴性对照信号降低,但不影响特异性产物的检测。原则上,应通过实施良好的实验室规范来避免PCR污染问题,例如经常更换手套、使用滤嘴和去污试剂、安排单独的PCR后和PCR前室,当发生污染时,需要更换引物、试剂或扩增子等材料。建议缩短PCR热曲线中的变性、退火和延伸时间。这种方法可能是实用的,只要修改后的PCR热曲线的应用导致NTC的假阳性信号的消除或减少但不会对检测灵敏度产生显着影响。在分析文献过程中,潘同学调动大家积极提问,为大家解答疑惑,现场讨论氛围活跃。

接着,高邦婷同学分享的文献是发表在《BMJ journals》杂志上的《REDD1/autophagy pathway promotes thromboinflammation and fibrosis in human systemic lupus erythematosus (SLE) through NETs decorated with tissue factor (TF) and interleukin-17A (IL-17A)》。高同学首先向我们介绍嗜中性粒细胞通过假定效应器功能(包括NETs)成为疾病发病机制的关键参与者。NETs是嗜中性粒细胞胞外杀菌网络,由挤出的核DNA和相关的粒状成分、组织素和细胞质蛋白组成。而NETs表达组织因子(TF)的作用是凝血的主要体内启动者,是血栓炎的调解者。白细胞介素-17A(IL-17A),一种与SLE和狼疮肾炎(LN)有关的促炎细胞因子,促进NET依赖性肺纤维化。活性SLE的炎症微环境调节了中性粒细胞中缺氧反应和应激反应蛋白DDIT4/REDD1(以下简称REDD1)的表达,导致自噬诱导并形成由TF和IL-17A修饰的NETs。该实验在SLE活性期和非活性期间,从6名SLE患者中分离外周血嗜中性粒细胞和血清。实验的发现确定了上游调节因子和下游分子,这些分子在人类SLE 中调解NET释放,将免疫代谢、血栓炎和纤维化与终末器官损伤联系起来。活跃型SLE血清中的ET-1和HIF-1α激活REDD1/自噬通路,以诱导NETs。活性SLENETs代表具有高浓度生物活性IL-17A和TF的支架,即使在没有完好的中性粒细胞的情况下,仍保留在终末器官组织中,激活常驻细胞,并促进血栓炎和纤维化。
最后,王嘉甬同学为大家带来了《Journal Of Southern Medical University》杂志发表的文献《Use of Trichosanthis fructus and the core drug pair Trichosanthis fructus-Glycyrrhizae radix et rhizoma in traditional Chinese prescriptions: molecular mechanisms in network pharmacology and molecular docking》。王同学首先介绍了瓜蒌,瓜蒌是葫芦科植物栝楼或双边栝楼的干燥成熟果实,具清热涤痰,宽胸散结,润燥滑肠之功效。在临床应用中,瓜蒌常和其他中药配伍使用,用于多种疾病的治疗。其中,文献报道用于胸痹症治疗的瓜蒌薤白白酒汤、瓜蒌薤白半夏汤因出自汉代名医张仲景的《金匮要略》而为众人所熟知。含瓜蒌方剂共计1700个,去除重复方剂及含瓜蒌根(天花粉)(在中医古籍知识库的检索平台中,检索瓜蒌时,会检索到瓜蒌根并纳入统计)553个,瓜蒌的实际出现频次为1147次,主要涉及与694味中药配伍。通过 CooLGeN 数据库中以“Phlegm syndrome”(痰证)为关键词检索到痰证类疾病靶点蛋白204个。比较化学成分靶点蛋白与痰证类疾病靶点蛋白,有41个蛋白靶点为瓜蒌、甘草化学成分与痰证类疾病共有靶点蛋白,涉及52个化学成分,其中瓜蒌9个、甘草43个。基于众多的中医中药古籍中含瓜蒌方剂的组方规律数据分析,深入探讨瓜蒌和哪种或哪些药味配伍且主要用于哪种疾病的治疗,为瓜蒌的组方研究提供参考。由本文含瓜蒌方剂组方规律可见,含瓜蒌方剂的用药规律可循,通过不同配伍达到不同的治疗目的。
文献阅读分享会不仅使同学们对分子生物学和生物信息学产生了更浓厚的兴趣,让同学们接触到课堂之外更高层次的知识,而且也为同学们建立起交流互助的桥梁,有利于营造团结共进的良好学风氛围。