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【白衣工作室】暑期文献分享,探索科研世界--我院白衣工作室开展暑期线上文献分享会议

作者:张高博 朱心悦 高邦婷   时间:2022-07-10   点击数:

2022年7月7日19:00,我院白衣工作室生物信息学小组通过腾讯会议开展了暑期第二次文献阅读分享会。本次会议参与人员:指导老师张高博、白衣工作室生物信息学小组免疫小组全体成员参加本次会议。本次会议由李子星、朱心悦、刘一洋、杨佳怡四位同学作为主讲人讲解文献。

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首先,李子星同学为我们讲述的是发表在《中国微生态学杂志》(IF=1.166)上的《EB病毒gp125蛋白的B细胞表位预测》文献。李子星同学通过这篇文献向我们介绍了以EBVgp125蛋白氨基酸序列为基础,利用蛋白质序列分析软件,联合使用Hopp-Woods的亲水性参数、蛋白质可及性参数、抗原性方案,极性及柔韧性参数,辅以GOR方法对EBVgp125蛋白二级结构的分析,从而预测EBVgp125蛋白的B细胞表位,为制备高质量NPC血清学诊断试剂奠定基础。

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借此,张高博老师建议我们阅读具有时效性、较高参考价值的文献,从而了解当前最新的、最权威的方法。

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朱心悦同学则向我们分享了发表在《河南农业科学》(IF=1.193)上的《大肠杆菌免疫蛋白OmpA生物信息学分析及表位多肽疫苗设计》文献。朱心悦同学向我们讲述了通过采用生物信息学分析方法,对大肠杆菌OmpA 进行蛋白质互作关系、理化性质、二级结构和三级结构、B 细胞和 T 细胞抗原表位分析,发现该蛋白质为亲水性蛋白质,有跨膜结构,存在信号肽序列。另外,大肠杆菌 OmpA 的二级结构中以无规则卷曲为主 ,该结构易形成盘旋、扭曲,暴露在蛋白质外层,成为优势细胞抗原表位的可能性较大,为抗原表位的产生打下基础。文献最后预测,大肠杆菌OmpA可能有4个优势B细胞抗原位、1个CTL细胞抗原表位、1个Th细胞抗原表位,并重组获得了抗原性较好的重组多肽,为OmpA蛋白表位疫苗的开发提供了依据。

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接着,刘一洋同学向我们分享发表在《基因组学和应用生物学》(IF=1.36)的《SARS-CoV-2S蛋白结构与功能的生物信息学分析》。刘一洋同学介绍了本研究从NCBI获取SARS-CoV-2S蛋白基因的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列,利用DNAMAN、DNAstar、Mega7.0及一些在线分析预测网站对S蛋白进行生物信息学分析。结果表明,SARS-CoV-2与SARS-CoV的S蛋白同源性较高,推测两种毒株的S蛋白结构与功能具有相似性。此外S蛋白含有信号肽序列;潜在磷酸化氨基酸数目共有136个,且其余氨基酸均有较高的磷酸化倾向;N-糖基化位点有17个;S蛋白是一种膜上蛋白,含有S1和S2两个结构域。该研究可为SARS-CoV-2感染宿主细胞的机理研究及特异性的治疗提供一定的理论基础。

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最后,由杨佳怡同学为我们带来了发表在《中国免疫学杂志》(IF=1.69)上的《人白细胞介素37的二级结构及B细胞表位预测》文献。杨佳怡同学向我们讲述了根据人IL-37b的氨基酸序列,运用一些相关的分子生物学软件,对IL-37b的B细胞优势表位、IL-37的二级结构,包括亲水性、可及性、柔韧性、抗原性等参数进行分析和预测,为制备IL-37单克隆抗体提供理论依据。同时通过对IL-37b的进一步研究,有助于阐明多重炎症相关性疾病的发病机制,为临床上这些疾病的治疗提供新思路。

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 此次会议受益匪浅,向我们展现了有关生物信息学分析方法和B细胞表位预测的知识。文献的阅读、分享过程不仅让我们多方面发展,接触到更多广泛的知识,而且锻炼了我们的汇报能力,对我们日后的学习有很大帮助。


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